колаб https://colab.research.google.com/drive/1Hh7yOfWvD3B9yhd8biqx9jXgl6XJnMdV?usp=sharing
| Организм | Число генов | Длина генома | Длина участков с экзонами | Доля покрытия экзонами | Участки с zh-score | Zh-score > 500 | Длина участков ZH |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gemella_asaccharolyta | 1273.0 | 1289860.0 | 1154572.0 | 89.5 | 99118 | 1 | 10 |
| Gemella_haemolysans | 1831.0 | 1892523.0 | 1625794.0 | 85.9 | 2011 | 0 | 0 |
| Gemella_massiliens | 1714.0 | 1804814.0 | 1543947.0 | 85.5 | 803 | 0 | 0 |
| Gemella_sanguinis | 1714.0 | 1795201.0 | 1571300.0 | 87.5 | 260123 | 45 | 448 |
| Gemella_palaticanis | 1875.0 | 1802210.0 | 1598667.0 | 88.7 | 436 | 21 | 194 |
Как можно заметить, в этом роде бактерий не очень распространены Z-DNA
Попытаемся найти кластеры
Пока выглядит все хорошо
Теперь найдем кластеры, у которых есть z-dna хоть в каких-то бактериях
Ни в одном из кластеров нет z-dna в более, чем одной бактерии Получается, что таких кластеров, у которых у гомологичных белков сохраняется участки Z-DNA в разных геномах - нет
Визуализация для некоторых кластеров (для оставшихся есть в колабе. иногда зднк находится рядом с протеином, чтобы возможность наличия нескольких днк была больше, но это не помогло)
Табличка с выбранными кластерами, названиями белков для каждой бактерии, количеством zdna, функциями (взяты из feature table), координатами кластера, координатами zdna и zdna score
| # Species | Genes | Alg.-Conn. | protein.As.faa | protein.Ha.faa | protein.Ma.faa | protein.Pa.faa | protein.Sa.faa | # Zdna | function | Z-DNA start | Z-DNA end | Z-DNA score | Cluster start | Cluster end |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5 | 5 | 1.0 | KXB58042.1 | KXB59111.1 | WP_021752439.1 | WP_179940320.1 | WP_031551257.1 | 1 | acyl-CoA | thioesterase | 144956 | 144964 | 650.9198 | 144949 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB58649.1 | KXB61962.1 | WP_062173118.1 | WP_179940720.1 | WP_031550108.1 | 1 | cell cycle protein, FtsW/RodA/SpoVE family | 178584 | 178596 | 2091.0830 | 177395 | 178600 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB58987.1 | KXB57588.1 | WP_072520414.1 | WP_179940754.1 | WP_031552763.1 | 1 | thioesterase family protein | 57634 | 57647 | 3428.5290 | 57652 | 58035 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB57676.1 | KXB58262.1 | WP_062173854.1 | WP_179940864.1 | WP_031551840.1 | 1 | tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase | 112188 | 112200 | 2943.4610 | 112166 | 112933" |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB56657.1 | KXB57232.1 | WP_021753553.1 | WP_179941091.1 | WP_003144216.1 | 1 | ribosomal protein L23 | 57634 | 57647 | 3428.5290 | 57570 | 57851 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB56649.1 | KXB57240.1 | WP_021753546.1 | WP_179941101.1 | WP_003144098.1 | 1 | ribosomal protein L14 | 61045 | 61055 | 980.8116 | 61115 | 61483 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB58523.1 | KXB62137.1 | WP_062173198.1 | WP_179941475.1 | WP_031550272.1 | 1 | RNA polymerase sigma factor RpoD | 112188 | 112200 | 2943.4610 | 111135 | 112223 |
| 5 | 5 | 1.0 | KXB58861.1 | KXB61222.1 | WP_072520432.1 | WP_179941840.1 | WP_031550288.1 | 1 | AI-2E family transporter | 107889 | 107901 | 712.1870 | 106778 | 107938 |
Ни для одного генома квадруплексов не нашлось.
