Fundación ARAID y Estación Experimental de Aula Dei-CSIC, Zaragoza, España
La Bioinformática Estructural se ocupa del estudio de la estructura molecular de proteínas y ácidos nucleicos con el fin de reconstruir su historia evolutiva e inferir sus posibles funciones. El objetivo de este material es ayudar a comprender las diferentes estrategias y algoritmos que se utilizan habitualmente con este fin. El curso no incluye la disección formal de la eficiencia de cada algoritmo; en cambio, se apoya en validaciones empíricas publicadas en la literatura para describir los puntos fuertes y débiles de las diferentes estrategias. Solamente conociendo cómo funcionan estos algoritmos podremos elegir los más apropiados para cada problema y evaluar de manera crítica los resultados obtenidos.
Tras un breve repaso de fundamentos bioquímicos, este material presenta algunos algoritmos básicos, en su mayoria heurísticos, plantea problemas y estrategias para resolverlos. A lo largo del curso encontraréis referencias a artículos que profundizan sobre aspectos particulares de cada tema, junto con ejemplos que a veces requieren de ciertos conocimientos de programación (en Perl5 y Python2.7).
Este curso ha servido como material didáctico de la Licenciatura en Ciencias Genómicas-UNAM desde 2008. Agradezco a los alumnos por sus comentarios para mejorarlo, a M.Medina, J.Fernández-Recio y A.Pascual-García por actuar de evaluadores en un proceso de revisión abierta por pares ( open peer review ) en Digital.CSIC, y a ARAID por el apoyo todos estos años.
Puedes descargar este material en formato PDF en Digital.CSIC y los ejemplos y programas del curso en la carpeta code. Puedes asimismo citarlo como:
Contreras-Moreira,B. (2018) Algoritmos en bioinformática estructural. doi:10.20350/digitalcsic/8544
Si tuviese que recomendar un libro de texto como acompañamiento para este material sería posiblemente Structural Bioinformatics: An Algorithmic Approach.
En español, el compendio Bioinformática con Ñ tiene varios capítulos que pueden ser muy buen complemento para este material, varios de ellos citados en el texto.
Puedes descargar este material en formato PDF en Digital.CSIC y navegarlo en http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural.