jupyter For Atmospheric Scientists

介绍

Jupyterlab 镜像预装 Python3，C，Fortan，Grads，Julia，R内核，Metpy，Siphon，atmos，basemap，ncl_to_Python，Cartopy，ecmwf-api，netcdf等常用包。

Docker images of Jupyterlab with Python3, C, Fortan, Grads, Julia, R and Metpy, Siphon, atmos, basemap, ncl_to_Python, Cartopy, ecmwf-api.

使用截图

无需复杂设置与安装，开包即用。（PS：尤其是Basemap，简直是气象人的噩梦）

安装教程

服务器要求，至少1 vCPU 2 GiB，已配置网络环境，安全组开放8000端口。（也可以是其他端口，注意修改run命令即可）

推荐用宝塔面板安装。

1. 下载并安装Docker ce

卸载旧版本Docker

sudo apt-get remove docker docker-engine docker.io

安装包以允许通过HTTPS使用存储库

sudo apt-get install \
    apt-transport-https \
    ca-certificates \
    curl \
    software-properties-common

添加Docker的官方GPG密钥

curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -

确认指纹

sudo apt-key fingerprint 0EBFCD88

设置稳定存储库，默认最新版

sudo add-apt-repository \
   "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
   $(lsb_release -cs) \
   stable"

再次更新apt包索引

sudo apt-get update

安装最新版本的Docker CE

sudo apt-get install docker-ce

查看Docker CE 版本

docker -v

2. 拉取阿里云镜像

已打包七种镜像可供选择，如下：

镜像名	大小	Python3 C Grads Julia R	Metpy Siphon atmos	basemap	ncl_to_Python	Cartopy	ecmwf-api	netcdf	Fortan
jupytercgmsabefcn:v1	3.001 GB	√	√	√		√	√	√	√
jupytercgrads_metpy_siphon_atmos_nal_ecmwf_fortran:v1	2.600 GB	√	√		√		√		√
jupytercgrads:1	1.871 GB	√
jupytercgrads_metpy_siphon_atmos:v1	1.978 GB	√	√
jupytercgrads_metpy_siphon_atmos_basemap:v1	2.794 GB	√	√	√
jupytercgrads_metpy_siphon_atmos_basemap_ecmwf_fortran:v1	2.794 GB	√	√	√			√		√
jupytercgrads_metpy_siphon_atmos_basemap_ecmwf_fortran_cartopy:v1	2.959 GB	√	√	√		√	√		√

本教程以装有Basemap和netCDF4的jupytercgmsabefcn为例，拉取链接为docker pull registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/bugatii100peagle/镜像名:版本

docker pull registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/bugatii100peagle/jupytercgmsabefcn:v1

3. 运行镜像

本地新建文件夹jupyterlab，jupyterlab/workspace

docker run --name jupytercgmsabefcn -d -p 8000:8888 -v `pwd`/jupyterlab:/workspace -w /workspace -e GRANT_SUDO=yes --user root registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/bugatii100peagle/jupytercgmsabefcn jupyter-lab --no-browser --port=8888 --ip=0.0.0.0 --allow-root

使用说明

浏览器打开http://IP:8000，密码是空密码，直接回车即可。

TODO 接下来要做

1. 国际化本项目文档。
2. 收集更多常用工具集成。
3. 试图解决NCL与Basemap的冲突，设置虚拟环境，集成到一个镜像。
4. 修复低版本Grads无法打开.nc文件的问题。

参与项目

欢迎下载镜像使用，如果你觉得不错就给个星吧。

如果你有什么需求建议，可以在issue中以需求：xxx的形式给出。

如果你安装遇到问题，可以在issue中以问题：xxx的形式给出，并标明宿主机环境，报错信息等。

从裸奔的Jupyter镜像安装的详细方法，可参考我的博文气象人的Jupyterlab.

打赏

About

预装有 Python3，C，Fortan，Grads，Julia，R内核，Metpy，Siphon，atmos，basemap，ncl_to_Python，Cartopy，ecmwf-api，netCDF4等常用包的 Jupyterlab 镜像。Docker images of Jupyterlab with Python3, C, Fortan, Grads, Julia, R and Metpy, Siphon, atmos, basemap, ncl_to_Python, Cartopy, geoplot, ecmwf-api.

jupyterlab basemap ncl

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