我眼中小书匠目前的优势和缺点
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我主力使用思源笔记，思源的功能开箱即用做得很好。交互也好
但是思源的编辑器功能薄弱，没有多行编辑、vim等，搜索的界面展示也做得差。
每次搜索的时候都感觉这个软件比较落后。
并且不是纯文本的markdown，而是.sy的文件，内部应该是json。
小书匠强在纯文本的markdown，支持高级的编辑器功能(vim....)。
而且所见即所得。
兼容的第三方存储比较多。
小书匠的搜索功能也做的很好，很清晰。
我觉得小书匠的纯文编辑+高级编辑+所见即所得这个方向很好。
其他的功能细节我觉得可以参考下思源笔记，比如pdf标注，思源的人体工程做得挺好的。插件系统里面用户做的插件，比如epub导入也是真的好用。
总的来说小书匠的编辑功能确实是目前独一无二的，有自己的独特定位，只是需要时间完善周边功能细节。
感谢中肯的评价。
每个软件都有各自的优缺点，再加上专注的地方不同，发力点就会不一样，同时，小书匠这边确实还有比较多不足的地方，要不断的完善。
看你只用了一星期多（从提 issuse上推断），把小书匠用得这么仔细，着实有点小感动。
小书匠最早是做为一个编辑器来开发的，这个可以从小书匠的 web 版本看出来，一开箱就是个工具条，加上左边编辑右边预览，超级普通，超级平常，一般用户如果不是好友推荐的话，直接就会下结论，这个 github 上一搜一堆开源的。。。正因为这样，能发挥的地方，也就只有编辑，所以编辑功能相对于其他软件才有可能会有点优势吧。
不过后来，一些用户有趣的需求，比如 wiki 格式的链接语法，目录树，标签，文章之间的引用，文章/配置文件跨平台同步。再加上自己本身也不想再把所有文章保存到 evernote 了，就直接干脆做成个知识管理软件了。比如过滤器用来管理文章分类，文章之间的引用来实现双链，自定义数据中心来保证跨平台无缝编辑，同时保证数据永远在自己手上。
知识管理这方面，可能官方文档介绍的不全， b 站的视频都是随着感觉发布，也没有成体系的进行分类。再有就是你使用的时间还不是特别长，文章的积累也比较少。所以，还没有体验出怎么用小书匠来做知识管理。这边的话，也希望你可以继续经常使用小书匠，甚至尝试下把小书匠做为你的知识管理方案。
可能你还不是会员，我这边可以给你开通一年的会员，你可以先注册个帐号，再把小书匠生成的唯一 id 貼一下（也可以发邮件到 suziwen1@gmail.com）。
如果你自己会使用 Docker 的话，可以部署 Docker 版本的小书匠，完全不用开会员，小书匠的手机版本（有影笔记）直接配置一下，就能全平台同步数据了。
下面这几个视频，可以看一下，主要讲怎么部署 Docker, 及小书匠的架构，方便了解自己的数据是怎么流转的。
这个是整体的效果
还有，就是你提到的 PDF 标注, 小书匠也是可以实现的。可以看下这个文档 PDF 阅读，批注，引用使用 | 小书匠
视频介绍在这里： 8.12.0更新，在小书匠上直接 PDF 阅读，批注，让你更加轻松自如地管理和分享自己的文档。哔哩哔哩_bilibili
不过因为我自己阅读 epub 的电子书不是很多，就没有开发 epub 相关的批注功能了。