Criando uma tabela única com os processos padronizados pelo SUS. Rodrigo Silva
O objetivo deste estudo é criar uma tabela unificada com todos os parametros do Sigtap em uma única tabela. Isto irá gerar uma quantidade enorme de dados repetidos, contudo acredita-se que isto facilitará trabalhos futuros de consultas e processamento. Igualmente irá contribuir com a comunidade no que diz respeito a divulgação de um dataset importante para os estudos centrados no SUS. Por fim, o dataset a ser construído é praticamente fixo, onde não há a adição constante de novos valores visto que todo o tramite de atualização deve antes passar por portarias e normativas.
Os dados do Sigtap são organizados em um conjunto de pouco mais de 80 arquivos, disponibilizados mensalmente pelo próprio DataSUS. Desta forma iniciaremos trabalhando com os dados das tabelas grupo, subgrupo, forma organizacional, procedimento e tuss. No futuro irei adicionar as demais informações, tais como relação com cid, com nível de atenção e outros.
library(dplyr)
library(textreadr)
setwd('TabelaUnificada_201809_v1809051203/')
grupo <- iconv(read_document('tb_grupo.txt'), "latin1", "UTF-8")
subgrupo <- iconv(read_document('tb_sub_grupo.txt'), "latin1", "UTF-8")
forma_organizacao <- iconv(read_document('tb_forma_organizacao.txt'), "latin1", "UTF-8")
procedimento <- iconv(read_document('tb_procedimento.txt'), "latin1", "UTF-8")
Os dados do Sigtap são disponibilizados em formato de texto (.txt) sem qualquer caracter separador que indique as colunas e valores. No entanto há em conjunto com os dados os documentos de layout, para cada uma das tabelas um documento associado.
Por hora irei fazer as transcrições no braço mesmo, em um futuro próximo ireis automatizar o processo de leitura do layout e do arquivo tabela para, já no processo de leitura, criar um data.frame.
library(rmarkdown)
setwd('TabelaUnificada_201809_v1809051203/')
grupo.layout <- read.csv('tb_grupo_layout.txt', header = TRUE, sep = ',')
paged_table(grupo.layout)
co_grupo <- substr(grupo, 1, 2)
no_grupo <- substr(grupo, 3, 102)
dt_competencia <- substr(grupo, 103, 108)
grupo.ds <- data.frame(co_grupo, no_grupo, dt_competencia)
library(rmarkdown)
setwd('TabelaUnificada_201809_v1809051203/')
subgrupo.layout <- read.csv('tb_sub_grupo_layout.txt', header = TRUE, sep = ',')
paged_table(subgrupo.layout)
co_grupo <- substr(subgrupo, 1, 2)
co_sub_grupo <- substr(subgrupo, 3, 4)
no_sub_grupo <- substr(subgrupo, 5, 104)
dt_competencia <- substr(subgrupo, 105, 110)
subgrupo.ds <- data.frame(co_grupo, co_sub_grupo, no_sub_grupo, dt_competencia)
library(rmarkdown)
setwd('TabelaUnificada_201809_v1809051203/')
forma_organizacao.layout <- read.csv('tb_forma_organizacao_layout.txt', header = TRUE, sep = ',')
paged_table(forma_organizacao.layout)
co_grupo <- substr(forma_organizacao, 1, 2)
co_sub_grupo <- substr(forma_organizacao, 3, 4)
co_forma_organizacao <- substr(forma_organizacao, 5, 6)
no_forma_organizacao <- substr(forma_organizacao, 7, 106)
dt_competencia <- substr(forma_organizacao, 107, 112)
forma_organizacao.ds <- data.frame(co_grupo, co_sub_grupo, co_forma_organizacao,
no_forma_organizacao, dt_competencia)
library(rmarkdown)
setwd('TabelaUnificada_201809_v1809051203/')
procedimento.layout <- read.csv('tb_procedimento_layout.txt', header = TRUE, sep = ',')
paged_table(procedimento.layout)
co_grupo <- substr(procedimento, 1, 2)
co_sub_grupo <- substr(procedimento, 3, 4)
co_forma_organizacao <- substr(procedimento, 5, 6)
co_procedimento <- substr(procedimento, 1, 10)
no_procedimento <- substr(procedimento, 11, 260)
qt_maxima_execucao <- substr(procedimento, 263, 266)
qt_dias_permanencia <- substr(procedimento, 267, 270)
qt_pontos <- substr(procedimento, 271, 274)
vl_idade_minima <- substr(procedimento, 275, 278)
vl_idade_maxima <- substr(procedimento, 279, 282)
vl_servico_hospitalar <- substr(procedimento, 283, 292)
vl_servico_ambulatorial <- substr(procedimento, 293, 302)
vl_servico_profissional <- substr(procedimento, 303, 312)
qt_tempo_permanencia <- substr(procedimento, 321, 324)
dt_competencia <- substr(procedimento, 325, 330)
procedimento.ds <- data.frame(co_grupo,
co_sub_grupo,
co_forma_organizacao,
co_procedimento,
no_procedimento,
qt_maxima_execucao,
qt_dias_permanencia,
qt_pontos,
vl_idade_minima,
vl_idade_maxima,
vl_servico_hospitalar,
vl_servico_ambulatorial,
vl_servico_profissional,
qt_tempo_permanencia,
dt_competencia)
res_temp <- merge(grupo.ds, subgrupo.ds)
res_temp <- res_temp %>%
select(co_grupo, no_grupo, co_sub_grupo, no_sub_grupo)
res_temp <- merge(res_temp, forma_organizacao.ds, by = c('co_grupo', 'co_sub_grupo'))
res_temp <- res_temp %>%
select(co_grupo, no_grupo, co_sub_grupo, no_sub_grupo, co_forma_organizacao, no_forma_organizacao)
result <- merge(res_temp, procedimento.ds, by = c('co_grupo', 'co_sub_grupo', 'co_forma_organizacao'))
result <- result %>%
select(co_grupo, no_grupo, co_sub_grupo, no_sub_grupo, co_forma_organizacao, no_forma_organizacao, co_procedimento, no_procedimento,
qt_maxima_execucao, qt_dias_permanencia, qt_pontos, vl_idade_minima, vl_idade_maxima, vl_servico_hospitalar, vl_servico_ambulatorial,
vl_servico_profissional, qt_tempo_permanencia, dt_competencia)
write.csv2(result, 'tabela-sigtap-201809.csv', row.names = FALSE)