Решение в папке Autotools - решение с помощью средств Autotools.
Решение в папке "Predetermined cpp" соответствует заданию. (Запуск ./configure генерирует Makefile, запуск ./run выполняет make и затем запускает результат.)
Решение в папке "All auto" отличается автоматической генерацией .cpp файла. Это даёт полезную возможность автоматического взятия имени (а также ещё части сигнатуры) native-метода из автоматически сгенерированного хедера. (Запуск осуществляется так же, однако ./configure генерирует немного другой Makefile, а также .class файл, хедер и .cpp файл.)