Can't install from source: dylib was built for a newer version
jzadra opened this issue · comments
I'm trying to install RCurl from source after making sure the path to curl is using the homebrew version that has sftp protocol, as the default MacOS (12.3.1) does not include that protocol.
I get two ld warnings and then a fatal error.
myUTF8.c:58:34: warning: variable 'use_wcs' set but not used [-Wunused-but-set-variable]
Rboolean oct_or_hex = FALSE, use_wcs = FALSE;
^
myUTF8.c:58:14: warning: variable 'oct_or_hex' set but not used [-Wunused-but-set-variable]
Rboolean oct_or_hex = FALSE, use_wcs = FALSE;
^
2 warnings generated.
clang -mmacosx-version-min=10.13 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -lomp -o RCurl.so base64.o curl.o curlInit.o curl_base64.o enums.o json.o memoryManagement.o myUTF8.o -L/opt/homebrew/Cellar/curl/7.83.1/lib -lcurl -L/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/lib -lxml2 -lz -lpthread -licucore -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: dylib (/usr/local/lib/libomp.dylib) was built for newer macOS version (12.0) than being linked (10.13)
ld: warning: ignoring file /opt/homebrew/Cellar/curl/7.83.1/lib/libcurl.dylib, building for macOS-x86_64 but attempting to link with file built for macOS-arm64
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/00LOCK-RCurl/00new/RCurl/libs
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘RCurl’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/00LOCK-RCurl/00new/RCurl/libs/RCurl.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/00LOCK-RCurl/00new/RCurl/libs/RCurl.so, 0x0006): symbol not found in flat namespace '_curl_easy_cleanup'
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/RCurl’
Hi
The warnings from the compiler (not linker) are fine.
The warning about x86_64 but finding a libcurl.dylib for arm64 may indicate some issues with your setup.
Can you please post the output of
otool -L src/RCurl.so
when run from the package source directory (containg the DESCRIPTION file)
and also
nm /full/path/to/libcurl.4.dylib
where the /full/path//...libcurl.4.dylib is in the output of the otool command above and identifies libcurl.*.dylib
Thanks for the response.
The location of the downloaded source packages does not have src/RCurl.so.
From failed R install:
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/mp/w8f9_2c572dfzd9nf4363_lw0000gn/T/Rtmp4vK8nT/downloaded_packages’
The files in /private/var/folders/mp/w8f9_2c572dfzd9nf4363_lw0000gn/T/Rtmp4vK8nT/downloaded_packages/RCurl/src/ are:
CURLINFOTable.h CurlInfoEnums.h Makevars.ucrt base64.c curlInit.c json.c
CURLOptTable.h CurlOptEnums.h Makevars.win curl.c curl_base64.c memoryManagement.c
CurlErrorEnums.h Makevars.in Rcurl.h curl.c-expt enums.c myUTF8.c
Am I lookin in the wrong place?
Hi
I suggest copying that directory somewhere in your home directory (or /tmp) and then running R CMD INSTALL thatDir.
Then the .o and .so files should be left there after the installation fails.
Are you on an intel or an ARM machine?
It seems like intel x86, but the homebrew is for ARM. And I suspect
curl-config that is being detected and used up is from homebrew.
So the header files are from there too.
So there is a mismatch of systems.
I'm on an ARM machine (M1).
I did the R CMD INSTALL from my temp dir and it had the same errors, but succeeded - however the sftp protocol is not available, indicating it didn't go for homebrew's curl. However, it did generate the files as you suggested.
RCurl % otool -L src/RCurl.so
src/RCurl.so:
RCurl.so (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
/usr/local/lib/libomp.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)
/usr/lib/libcurl.4.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 9.0.0)
/usr/lib/libxml2.2.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.9.0)
/usr/lib/libz.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.2.11)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1311.100.3)
/usr/lib/libicucore.A.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 70.1.0)
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 4.2.0, current version 4.2.0)
/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 1858.112.0)
RCurl % nm /usr/lib/libcurl.4.dylib
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/nm: error: /usr/lib/libcurl.4.dylib: No such file or directory
Thanks. can you run
nm /usr/lib/libcurl.4.dylib
and also
nm /usr/lib/libcurl.4.dylib | grep curl_easy_cleanup
Also, can you show the entire line for compiling one of the .c files, e.g., curl.c
Thanks
nm /usr/lib/libcurl.4.dylib
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/nm: error: /usr/lib/libcurl.4.dylib: No such file or directory
-DHAVE_CURLOPT_SSL_SESSIONID_CACHE=1 -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include -I/usr/local/include -Xclang -fopenmp -fPIC -Wall -g -O2 -c curl.c -o curl.o
clang -mmacosx-version-min=10.13 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I/opt/homebrew/Cellar/curl/7.83.1/include -DHAVE_LIBIDN_FIELD=1 -DHAVE_CURLOPT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_EFFECTIVE_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_RESPONSE_CODE=1 -DHAVE_CURLINFO_TOTAL_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_NAMELOOKUP_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_PRETRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_HEADER_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_REQUEST_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_VERIFYRESULT=1 -DHAVE_CURLINFO_FILETIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_STARTTRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_TYPE=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_COUNT=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIVATE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTP_CONNECTCODE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTPAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_PROXYAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_OS_ERRNO=1 -DHAVE_CURLINFO_NUM_CONNECTS=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_ENGINES=1 -DHAVE_CURLINFO_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLINFO_LASTSOCKET=1 -DHAVE_CURLINFO_FTP_ENTRY_PATH=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIMARY_IP=1 -DHAVE_CURLINFO_APPCONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLINFO_CONDITION_UNMET=1 -DHAVE_CURLOPT_WRITEDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_KEYPASSWD=1 -DHAVE_CURLOPT_DIRLISTONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_APPEND=1 -DHAVE_CURLOPT_KRBLEVEL=1 -DHAVE_CURLOPT_USE_SSL=1 -DHAVE_CURLOPT_TIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECTTIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_TRANSFER_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_CONTENT_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_FILE_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_DIRECTORY_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_POSTREDIR=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_COPYPOSTFIELDS=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXY_TRANSFER_MODE=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_CRLFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_ISSUERCERT=1 -DHAVE_CURLOPT_ADDRESS_SCOPE=1 -DHAVE_CURLOPT_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLOPT_USERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYUSERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYPASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_HOST_PUBLIC_KEY_MD5=1 -DHAVE_CURLOPT_NOPROXY=1 -DHAVE_CURLOPT_TFTP_BLKSIZE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_SERVICE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_NEC=1 -DHAVE_CURLOPT_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_REDIR_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_AUTH_TYPES=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PUBLIC_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PRIVATE_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SSL_CCC=1 -DHAVE_CURLOPT_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLOPT_IGNORE_CONTENT_LENGTH=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SKIP_PASV_IP=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_FILEMETHOD=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORT=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORTRANGE=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECT_ONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_TO_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_UTF8_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_SEND_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_RECV_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_ALTERNATIVE_TO_USER=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_SSL_SESSIONID_CACHE=1 -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include -I/usr/local/include -Xclang -fopenmp -fPIC -Wall -g -O2 -c curlInit.c -o curlInit.o
clang -mmacosx-version-min=10.13 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I/opt/homebrew/Cellar/curl/7.83.1/include -DHAVE_LIBIDN_FIELD=1 -DHAVE_CURLOPT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_EFFECTIVE_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_RESPONSE_CODE=1 -DHAVE_CURLINFO_TOTAL_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_NAMELOOKUP_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_PRETRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_HEADER_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_REQUEST_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_VERIFYRESULT=1 -DHAVE_CURLINFO_FILETIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_STARTTRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_TYPE=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_COUNT=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIVATE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTP_CONNECTCODE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTPAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_PROXYAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_OS_ERRNO=1 -DHAVE_CURLINFO_NUM_CONNECTS=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_ENGINES=1 -DHAVE_CURLINFO_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLINFO_LASTSOCKET=1 -DHAVE_CURLINFO_FTP_ENTRY_PATH=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIMARY_IP=1 -DHAVE_CURLINFO_APPCONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLINFO_CONDITION_UNMET=1 -DHAVE_CURLOPT_WRITEDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_KEYPASSWD=1 -DHAVE_CURLOPT_DIRLISTONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_APPEND=1 -DHAVE_CURLOPT_KRBLEVEL=1 -DHAVE_CURLOPT_USE_SSL=1 -DHAVE_CURLOPT_TIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECTTIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_TRANSFER_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_CONTENT_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_FILE_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_DIRECTORY_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_POSTREDIR=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_COPYPOSTFIELDS=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXY_TRANSFER_MODE=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_CRLFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_ISSUERCERT=1 -DHAVE_CURLOPT_ADDRESS_SCOPE=1 -DHAVE_CURLOPT_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLOPT_USERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYUSERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYPASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_HOST_PUBLIC_KEY_MD5=1 -DHAVE_CURLOPT_NOPROXY=1 -DHAVE_CURLOPT_TFTP_BLKSIZE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_SERVICE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_NEC=1 -DHAVE_CURLOPT_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_REDIR_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_AUTH_TYPES=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PUBLIC_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PRIVATE_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SSL_CCC=1 -DHAVE_CURLOPT_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLOPT_IGNORE_CONTENT_LENGTH=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SKIP_PASV_IP=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_FILEMETHOD=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORT=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORTRANGE=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECT_ONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_TO_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_UTF8_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_SEND_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_RECV_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_ALTERNATIVE_TO_USER=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_SSL_SESSIONID_CACHE=1 -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include -I/usr/local/include -Xclang -fopenmp -fPIC -Wall -g -O2 -c curl_base64.c -o curl_base64.o
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