missing network_identifier_code attribute when reading RESP file
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Bug Summary
ObsPy version:
1.4.0
input file (not supported by github, sorry):
ds.iris.edu/NRL/sensors/kinemetrics/RESP.XX.NS214..BNZ.Episensor.DC_200.5VDF.4G
reading the file above using obspy.io.xseed.Parser works fine but trying to print the resulting parser object fails
Note: Error traceback given below were produced using obspy 1.1.1 so line numbers may not be the same as in 1.4
Code to Reproduce
from obspy.io.xseed import Parser
p = Parser("XX.NS214..BNZ.Episensor.DC_200.5VDF.4G.RESP")
print(p)Error Traceback
File "/usr/lib/python3/dist-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 134, in __str__
inv = self.get_inventory()
File "/usr/lib/python3/dist-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 1902, in get_inventory
network_id = blkt.network_identifier_code
AttributeError: 'Blockette050' object has no attribute 'network_identifier_code'ObsPy Version?
1.4.0
Operating System?
CentOS 7
Python Version?
3.11
Installation Method?
conda
I don't get an error on 1.4.0
Strange, tested this on my colleagues computer who claimed to have installed obspy 2 months ago. WIll try again tomorrow when at office and my colleague have time, and also try to update his obspy install to the latest version available via conda to see if that fixes the issue
Re-tested and still get the error after updating to latest version via conda (could it be an issue with an older conda version?):
traceback, conda env etc.
(obspy311) python
Python 3.11.4 | packaged by conda-forge | (main, Jun 10 2023, 18:08:17) [GCC 12.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from obspy.io.xseed import Parser
>>> p = Parser("XX.NS214..BNZ.Episensor.DC_200.5VDF.4G.RESP")
>>> print(p)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/mro/miniconda3/envs/obspy311/lib/python3.11/site-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 129, in __str__
inv = self.get_inventory()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/mro/miniconda3/envs/obspy311/lib/python3.11/site-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 1898, in get_inventory
network_id = blkt.network_identifier_code
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
AttributeError: 'Blockette050' object has no attribute 'network_identifier_code'
>>> print(obspy.__version__)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'obspy' is not defined
>>> import obspy
>>> print(obspy.__version__)
1.4.0
>>>
(obspy311) conda update obspy
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 22.9.0
latest version: 23.7.4
Please update conda by running
$ conda update -n base -c conda-forge conda
## Package Plan ##
environment location: /home/mro/miniconda3/envs/obspy311
added / updated specs:
- obspy
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
anyio-4.0.0 | pyhd8ed1ab_0 97 KB conda-forge
brotli-1.1.0 | hd590300_0 19 KB conda-forge
brotli-bin-1.1.0 | hd590300_0 19 KB conda-forge
brotli-python-1.1.0 | py311hb755f60_0 343 KB conda-forge
cffi-1.15.1 | py311hb3a22ac_5 289 KB conda-forge
contourpy-1.1.1 | py311h9547e67_1 229 KB conda-forge
cryptography-41.0.4 | py311h63ff55d_0 2.0 MB conda-forge
dnspython-2.4.2 | pyhd8ed1ab_0 161 KB conda-forge
exceptiongroup-1.1.3 | pyhd8ed1ab_0 19 KB conda-forge
fonttools-4.42.1 | py311h459d7ec_0 2.6 MB conda-forge
freetype-2.12.1 | h267a509_2 620 KB conda-forge
httpcore-0.18.0 | pyhd8ed1ab_0 44 KB conda-forge
icu-73.2 | h59595ed_0 11.5 MB conda-forge
kiwisolver-1.4.5 | py311h9547e67_1 72 KB conda-forge
lcms2-2.15 | h7f713cb_2 235 KB conda-forge
libblas-3.9.0 |18_linux64_openblas 14 KB conda-forge
libbrotlicommon-1.1.0 | hd590300_0 68 KB conda-forge
libbrotlidec-1.1.0 | hd590300_0 32 KB conda-forge
libbrotlienc-1.1.0 | hd590300_0 276 KB conda-forge
libcblas-3.9.0 |18_linux64_openblas 14 KB conda-forge
libdeflate-1.19 | hd590300_0 66 KB conda-forge
libgcc-ng-13.2.0 | h807b86a_2 753 KB conda-forge
libgfortran-ng-13.2.0 | h69a702a_2 23 KB conda-forge
libgfortran5-13.2.0 | ha4646dd_2 1.4 MB conda-forge
libgomp-13.2.0 | h807b86a_2 411 KB conda-forge
libjpeg-turbo-2.1.5.1 | hd590300_1 485 KB conda-forge
liblapack-3.9.0 |18_linux64_openblas 14 KB conda-forge
libnsl-2.0.0 | hd590300_1 32 KB conda-forge
libopenblas-0.3.24 |pthreads_h413a1c8_0 5.2 MB conda-forge
libsqlite-3.43.0 | h2797004_0 821 KB conda-forge
libstdcxx-ng-13.2.0 | h7e041cc_2 3.7 MB conda-forge
libtiff-4.6.0 | h29866fb_1 271 KB conda-forge
libwebp-base-1.3.2 | hd590300_0 392 KB conda-forge
libxml2-2.11.5 | h232c23b_1 689 KB conda-forge
lxml-4.9.3 | py311h1a07684_1 1.4 MB conda-forge
matplotlib-base-3.8.0 | py311h54ef318_1 7.5 MB conda-forge
mysql-common-8.0.33 | hf1915f5_4 749 KB conda-forge
mysql-libs-8.0.33 | hca2cd23_4 1.5 MB conda-forge
numpy-1.26.0 | py311h64a7726_0 7.7 MB conda-forge
openjpeg-2.5.0 | h488ebb8_3 348 KB conda-forge
openssl-3.1.3 | hd590300_0 2.5 MB conda-forge
pillow-10.0.1 | py311h8aef010_1 44.7 MB conda-forge
python_abi-3.11 | 4_cp311 6 KB conda-forge
scipy-1.11.3 | py311h64a7726_0 15.7 MB conda-forge
setuptools-68.2.2 | pyhd8ed1ab_0 454 KB conda-forge
tk-8.6.13 | h2797004_0 3.1 MB conda-forge
typing_extensions-4.8.0 | pyha770c72_0 34 KB conda-forge
urllib3-2.0.5 | pyhd8ed1ab_0 96 KB conda-forge
wheel-0.41.2 | pyhd8ed1ab_0 56 KB conda-forge
zstd-1.5.5 | hfc55251_0 532 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 119.1 MB
The following packages will be REMOVED:
platformdirs-3.10.0-pyhd8ed1ab_0
pooch-1.7.0-pyha770c72_3
typing-extensions-4.7.1-hd8ed1ab_0
The following packages will be UPDATED:
anyio 3.7.1-pyhd8ed1ab_0 --> 4.0.0-pyhd8ed1ab_0 None
brotli 1.0.9-h166bdaf_9 --> 1.1.0-hd590300_0 None
brotli-bin 1.0.9-h166bdaf_9 --> 1.1.0-hd590300_0 None
brotli-python 1.0.9-py311ha362b79_9 --> 1.1.0-py311hb755f60_0 None
cffi 1.15.1-py311h409f033_3 --> 1.15.1-py311hb3a22ac_5 None
contourpy 1.1.0-py311h9547e67_0 --> 1.1.1-py311h9547e67_1 None
cryptography 41.0.2-py311h63ff55d_0 --> 41.0.4-py311h63ff55d_0 None
dnspython 2.4.1-pyhd8ed1ab_0 --> 2.4.2-pyhd8ed1ab_0 None
exceptiongroup 1.1.2-pyhd8ed1ab_0 --> 1.1.3-pyhd8ed1ab_0 None
fonttools 4.42.0-py311h459d7ec_0 --> 4.42.1-py311h459d7ec_0 None
freetype 2.12.1-hca18f0e_1 --> 2.12.1-h267a509_2 None
httpcore 0.17.3-pyhd8ed1ab_0 --> 0.18.0-pyhd8ed1ab_0 None
icu 72.1-hcb278e6_0 --> 73.2-h59595ed_0 None
kiwisolver 1.4.4-py311h4dd048b_1 --> 1.4.5-py311h9547e67_1 None
lcms2 2.15-haa2dc70_1 --> 2.15-h7f713cb_2 None
libblas 3.9.0-17_linux64_openblas --> 3.9.0-18_linux64_openblas None
libbrotlicommon 1.0.9-h166bdaf_9 --> 1.1.0-hd590300_0 None
libbrotlidec 1.0.9-h166bdaf_9 --> 1.1.0-hd590300_0 None
libbrotlienc 1.0.9-h166bdaf_9 --> 1.1.0-hd590300_0 None
libcblas 3.9.0-17_linux64_openblas --> 3.9.0-18_linux64_openblas None
libdeflate 1.18-h0b41bf4_0 --> 1.19-hd590300_0 None
libgcc-ng 13.1.0-he5830b7_0 --> 13.2.0-h807b86a_2 None
libgfortran-ng 13.1.0-h69a702a_0 --> 13.2.0-h69a702a_2 None
libgfortran5 13.1.0-h15d22d2_0 --> 13.2.0-ha4646dd_2 None
libgomp 13.1.0-he5830b7_0 --> 13.2.0-h807b86a_2 None
libjpeg-turbo 2.1.5.1-h0b41bf4_0 --> 2.1.5.1-hd590300_1 None
liblapack 3.9.0-17_linux64_openblas --> 3.9.0-18_linux64_openblas None
libnsl 2.0.0-h7f98852_0 --> 2.0.0-hd590300_1 None
libopenblas 0.3.23-pthreads_h80387f5_0 --> 0.3.24-pthreads_h413a1c8_0 None
libsqlite 3.42.0-h2797004_0 --> 3.43.0-h2797004_0 None
libstdcxx-ng 13.1.0-hfd8a6a1_0 --> 13.2.0-h7e041cc_2 None
libtiff 4.5.1-h8b53f26_0 --> 4.6.0-h29866fb_1 None
libwebp-base 1.3.1-hd590300_0 --> 1.3.2-hd590300_0 None
libxml2 2.11.4-h0d562d8_0 --> 2.11.5-h232c23b_1 None
lxml 4.9.3-py311h1a07684_0 --> 4.9.3-py311h1a07684_1 None
matplotlib-base 3.7.1-py311h8597a09_0 --> 3.8.0-py311h54ef318_1 None
mysql-common 8.0.33-hf1915f5_2 --> 8.0.33-hf1915f5_4 None
mysql-libs 8.0.33-hca2cd23_2 --> 8.0.33-hca2cd23_4 None
numpy 1.25.2-py311h64a7726_0 --> 1.26.0-py311h64a7726_0 None
openjpeg 2.5.0-hfec8fc6_2 --> 2.5.0-h488ebb8_3 None
openssl 3.1.2-hd590300_0 --> 3.1.3-hd590300_0 None
pillow 10.0.0-py311h0b84326_0 --> 10.0.1-py311h8aef010_1 None
python_abi 3.11-3_cp311 --> 3.11-4_cp311 None
scipy 1.11.1-py311h64a7726_0 --> 1.11.3-py311h64a7726_0 None
setuptools 68.0.0-pyhd8ed1ab_0 --> 68.2.2-pyhd8ed1ab_0 None
tk 8.6.12-h27826a3_0 --> 8.6.13-h2797004_0 None
typing_extensions 4.7.1-pyha770c72_0 --> 4.8.0-pyha770c72_0 None
urllib3 2.0.4-pyhd8ed1ab_0 --> 2.0.5-pyhd8ed1ab_0 None
wheel 0.41.1-pyhd8ed1ab_0 --> 0.41.2-pyhd8ed1ab_0 None
zstd 1.5.2-hfc55251_7 --> 1.5.5-hfc55251_0 None
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
numpy-1.26.0 | 7.7 MB | ######################################################################################################### | 100%
libjpeg-turbo-2.1.5. | 485 KB | ######################################################################################################### | 100%
brotli-1.1.0 | 19 KB | ######################################################################################################### | 100%
libbrotlidec-1.1.0 | 32 KB | ######################################################################################################### | 100%
libsqlite-3.43.0 | 821 KB | ######################################################################################################### | 100%
fonttools-4.42.1 | 2.6 MB | ######################################################################################################### | 100%
libgfortran-ng-13.2. | 23 KB | ######################################################################################################### | 100%
libblas-3.9.0 | 14 KB | ######################################################################################################### | 100%
liblapack-3.9.0 | 14 KB | ######################################################################################################### | 100%
wheel-0.41.2 | 56 KB | ######################################################################################################### | 100%
brotli-bin-1.1.0 | 19 KB | ######################################################################################################### | 100%
zstd-1.5.5 | 532 KB | ######################################################################################################### | 100%
mysql-libs-8.0.33 | 1.5 MB | ######################################################################################################### | 100%
matplotlib-base-3.8. | 7.5 MB | ######################################################################################################### | 100%
lcms2-2.15 | 235 KB | ######################################################################################################### | 100%
libgfortran5-13.2.0 | 1.4 MB | ######################################################################################################### | 100%
setuptools-68.2.2 | 454 KB | ######################################################################################################### | 100%
libxml2-2.11.5 | 689 KB | ######################################################################################################### | 100%
icu-73.2 | 11.5 MB | ######################################################################################################### | 100%
cffi-1.15.1 | 289 KB | ######################################################################################################### | 100%
libwebp-base-1.3.2 | 392 KB | ######################################################################################################### | 100%
libstdcxx-ng-13.2.0 | 3.7 MB | ######################################################################################################### | 100%
contourpy-1.1.1 | 229 KB | ######################################################################################################### | 100%
lxml-4.9.3 | 1.4 MB | ######################################################################################################### | 100%
libtiff-4.6.0 | 271 KB | ######################################################################################################### | 100%
cryptography-41.0.4 | 2.0 MB | ######################################################################################################### | 100%
python_abi-3.11 | 6 KB | ######################################################################################################### | 100%
kiwisolver-1.4.5 | 72 KB | ######################################################################################################### | 100%
tk-8.6.13 | 3.1 MB | ######################################################################################################### | 100%
scipy-1.11.3 | 15.7 MB | ######################################################################################################### | 100%
brotli-python-1.1.0 | 343 KB | ######################################################################################################### | 100%
openssl-3.1.3 | 2.5 MB | ######################################################################################################### | 100%
libbrotlicommon-1.1. | 68 KB | ######################################################################################################### | 100%
libbrotlienc-1.1.0 | 276 KB | ######################################################################################################### | 100%
mysql-common-8.0.33 | 749 KB | ######################################################################################################### | 100%
exceptiongroup-1.1.3 | 19 KB | ######################################################################################################### | 100%
dnspython-2.4.2 | 161 KB | ######################################################################################################### | 100%
pillow-10.0.1 | 44.7 MB | ######################################################################################################### | 100%
libgomp-13.2.0 | 411 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
libdeflate-1.19 | 66 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
libnsl-2.0.0 | 32 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
freetype-2.12.1 | 620 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
typing_extensions-4. | 34 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
anyio-4.0.0 | 97 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
libcblas-3.9.0 | 14 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
urllib3-2.0.5 | 96 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
httpcore-0.18.0 | 44 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
openjpeg-2.5.0 | 348 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
libgcc-ng-13.2.0 | 753 KB | ############################################################################################################################################## | 100%
libopenblas-0.3.24 | 5.2 MB | ############################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Retrieving notices: ...working... done
(obspy311) python
Python 3.11.4 | packaged by conda-forge | (main, Jun 10 2023, 18:08:17) [GCC 12.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import obspy
>>> print(obspy.__version__)
1.4.0
>>> from obspy.io.xseed import Parser
>>> p = Parser("XX.NS214..BNZ.Episensor.DC_200.5VDF.4G.RESP")
>>> print(p)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/mro/miniconda3/envs/obspy311/lib/python3.11/site-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 129, in __str__
inv = self.get_inventory()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/mro/miniconda3/envs/obspy311/lib/python3.11/site-packages/obspy/io/xseed/parser.py", line 1898, in get_inventory
network_id = blkt.network_identifier_code
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
AttributeError: 'Blockette050' object has no attribute 'network_identifier_code'
>>> My bad, I can reproduce it, maybe I didn't do the print(p) earlier..
So.. I'm not using RESP much, but that file specifies 2 out of 16 fields that a SEED blockette 50 would usually have. Without looking into details, I'm guessing our old SEED parser just expects to get a full blockette and not a stripped down partial info like might be OK for RESP format.
Any reason to use the Parser and not simply read with read_inventory() which seems to be fine and more forgiving in case of missing fields)?
No idea why IRIS is supplying a striped down version. I'm neither not using RESP very often so can't tell if this is considered valid or not, but if it is I guess it would be nice if ObsPy could handle it.
Why the use of Parser, well... to be honest I had missed that read_inventory() could also read the RESP format. For my current need Parser does the trick for me (the print() were merely used while developing the script).
Why the use of
Parser, well... to be honest I had missed thatread_inventory()could also read theRESPformat.
Ok, fair enough then. Just go with read_inventory() and you should be fine then. =)
I'll close this for now. I think it might not be worth working on this when there's more important things left hanging already. Feel free to reopen if needed.