210_prep-annovar-dbsについて

[nakane-scc]

74ページの210_prep-annovar-dbsを実行したところ、

WARNING: cannot retrieve remote files automatically (by 'wget' command or by standard Net::FTP/LWP::UserAgent Perl module).
Please manually download the following file, uncompress the files to annovar-hg38 directory, then add a hg38_ prefix to the file names.
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBand.txt.gz

というエラーメッセージが出ました。手動でDLするようにということなのかと思い、
annovar/annotate_variation.pl --buildver hg38 -downdb cytoBand annovar-hg38
というコマンドをうち、実行したところ、

WARNING: cannot retrieve remote files automatically (by 'wget' command or by standard Net::FTP/LWP::UserAgent Perl module).
Please manually download the following file, uncompress the files to annovar-hg38 directory, then add a hg38_ prefix to the file names.
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBand.txt.gz

というエラーメッセージが出たため、ブラウザに、http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBand.txt.gzと入力し、cytoBand.txt.gzをDLし、解凍してannovar-hg38ディレクトリへ移動し、hg38_cytoBand.txtとしました。同様に、
annovar/annotate_variation.pl --buildver hg38 -downdb refGene --webfrom annovar annovar-hg38
と打って実行すると、

WARNING: cannot retrieve remote files automatically (by 'wget' command or by standard Net::FTP/LWP::UserAgent Perl module).
Please manually download the following file, uncompress the files to annovar-hg38 directory, then add a hg38_ prefix to the file names.
http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg38_refGene.txt.gz
http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg38_refGeneMrna.fa.gz
http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg38_refGeneVersion.txt.gz

というメッセージが出るので、各URLをブラウザに打ち込んで、
hg38_refGene.txt.gz
hg38_refGeneMrna.fa.gz
hg38_refGeneVersion.txt.gz
を得、以下同様に、URLを入力して
hg38_avsnp150.txt.gz
hg38_avsnp150.txt.idx.gz
hg38_gnomad_exome.txt.gz
hg38_gnomad_exome.txt.idx.gz
をDLしました。これらを解凍して、annovar-hg38ディレクトリへ入れればそれでいいのでしょうか。また、不具合の原因もわかるようでしたら、あわせてご回答をお願いいたします。

[MISHIMA, Hiroyuki]

お返事が遅くなりすみません。Twitter上でもご指摘いただいていました。以下の関連スレッドをご参照ください。
https://twitter.com/yamagu09/status/1237989516821970945

直接的にはANNOVARのannotate_variation.pl (Perlスクリプト）のエラーで、おそらくNet::FTPとLWP::UserAgentというライブラリがないとの指摘です。もしすでにConda環境を構築済（執筆時は想定していませんでした）の場合、Condaでインストールされたperlを優先的に使うようになっているため、問題が発生した可能性があります。この場合：

$ conda install -c bioconda perl-net-ftp
$ conda install -c bioconda perl-lwp-protocol-https 

の実行で必要なライブラリがインストールされます。これを試していただけないでしょうか？

[Micono]

$ conda install -c bioconda perl-net-ftp
$ conda install -c bioconda perl-lwp-protocol-https

した後、
./210_prep-annovar-dbs.sh
をしてみたんですが、

NOTICE: Web-based checking to see whether ANNOVAR new version is available ... Done
NOTICE: Downloading annotation database http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBand.txt.gz ... Failed
WARNING: Some files cannot be downloaded, including http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBand.txt.gz

というエラーがでました。
このエラーの場合どのように対処したらいいんでしょうか？
よろしくお願いいたします。

[Micono]

Tarminalを起動し直したら、
./210_prep-annovar-dbs.sh
できたようです。