./50_run-bwa-mem.sh

[Mike-JH0912]

上記のステップで先に進めないため、上記ファイルを開いて直接コピペしたところ、
以下のメッセージが出て先に進めません。

$ #!/bin/bash
$ set -euo pipefail
$ bwa=bwa-0.7.17/bwa
$ id=DRR006760
$ fq1=${id}_1.fastq.gz
$ fq2=${id}_2.fastq.gz
$ ref=RefHg38/hg38.fasta
$ rg="@rg\tID:${id}\tSM:${id}\tPL:illumina\tLB:${id}"
o$ ${bwa} mem \

   -R ${rg} \
   ${ref} \
   ${fq1} ${fq2} \
| samtools view -@4 -b -1 - > ${id}.bam

-bash: bwa-0.7.17/bwa: No such file or directory
[main_samview] fail to read the header from "-".
Saving session...-bash: HISTTIMEFORMAT: unbound variable
[プロセスが完了しました]

一行ずつ入れて実行していったところ、
o$ ${bwa} mem \ 左記を入れたところでスタックしました。
可能性のあるトラブル原因とシューティング方法がありましたら
ご教示ください。

[MISHIMA, Hiroyuki]

ご質問いただきありがとうございます。

まず、コピペでの実行ではなく、テキストエディタでシェルスクリプトを修正後実行していただくほうが無難だと思います。コピペ実行すると、変数の設定やsetコマンドによる設定変更がシェルを開き直すまで持続されますので、再現しずらいエラーがでるかもしれません。

さて、ご指摘戴いた050_run-bwa-mem.shスクリプトのエラーですが、
o$ ${bwa} mem \
が、本当は
$ ${bwa} mem \
ですね。どこかでゴミ（o）が入ってしまったようです。GitHub上（ https://github.com/misshie/ngsdat2/blob/master/DiseaseGenomeMain/050_run-bwa-mem.sh ）では問題なさそうですのでご確認ください。これも、コピペ実行ではなく、（必要に応じて修正した）シェルスクリプトファイルの実行が無難だと思います。

[Mike-JH0912]

初歩的なミスでお手数お返してすみません。
すべてを最初からやり直して解決しました。