关于pocket文件的问题

[Saoge123]

我gnina下载了原始的crossdocked2020数据集，但是其中并没有包括关于pocket的pdb文件（但是在你文章的数据集中有），所以想问一下pocket文件是如何得到的

[Shitong Luo]

如果一个residue的重心距离任意一个ligand中的原子的距离小于 10 Angstrom，那么这个residue就会被视为pocket的一部分：

3D-Generative-SBDD/utils/protein_ligand.py

Line 173 in 6166209

 def query_residues_ligand(self, ligand, radius, criterion='center_of_mass'): 

[Saoge123]

原来如此，非常感谢！

[Shitong Luo]

不客气