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Medical Image Segmentation Toolkit based on PaddlePaddle - 基于paddle的医学影像分割框架

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你好,代码是不是有的地方有问题呀,有的函数不对呀,preds[ind]这个就不存在呀,eval.py里面的

Zyt-wenwne opened this issue · comments

你好,这个eval的代码我确实有段时间没用了。但是就你说的这个问题,我看preds是有定义的。eval的脚本要指定yaml的配置文件,在配置文件中写测试分割结果和gt的位置,具体代码在
配置文件可以参考config中已有的

你好,谢谢,但是你的pred3d.py里面的get_bbs,pad_volume,crop_to_bbs这些函数并不存在

这些应该在一个util里,可以全局搜一下。我最近在等百度那边一个3d分割的库出第一个稳定版,之后会好好更新一下这个项目里的问题。

你好,谢谢,也期待您的更新,还有就是 f = open("./directions.csv"),这个csv是自己创建好的吗,还是生成的,我允许的时候报错了

emm,那个是当时做lits的时候一些片子方向读出来有错误,当时手打的一个文件。如果你所有片子直接用nibabel读都是正的,所有有关这个direction的东西都可以略过去

好的,那我等大佬在更新吧,我也先看看,我之前用TF写过unet的3Dircadb_liver的分割,单独用dice的话训练收敛还好,但是val的曲线就不是很好,所以也希望向大佬学习

可以看看百度那边的paddleseg,效果一般都很好

6的很,我有空也研究研究

你好,这个eval的代码我确实有段时间没用了。但是就你说的这个问题,我看preds是有定义的。eval的脚本要指定yaml的配置文件,在配置文件中写测试分割结果和gt的位置,具体代码在。 配置文件可以参考config中已有的

6的很,我有空也研究研究

python medseg/train.py -c config/lits.yaml --use_gpu --do_eval,您好,博主,我想问下lits.yaml这个文件具体指的什么文件啊,我没找到