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jackyko1991 / Vessel-Centerline-Extraction

An interactive software to extract vessel centerline

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面向不懂代码的医学生的一份从零安装指南 ( A Fool Tutorial for those who have trouble configuring this program)

lxx2013 opened this issue · comments

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Today I install this program on my Ubuntu with a lot of difficulties. Now I share the steps for green-hands.

1. 安装 ubuntu

  • 百度下载 vmware workstation 最新版
  • 网易镜像下载 ubuntu 14.04.5
    - 在 vmware 中安装 ubuntu
    - 之后 apt-get install可能会遇到访问外网网速慢的问题,可以修改阿里云源, 参考链接

2.安装 cmake

在cmake 官网下载最新版 cmake 压缩包cmake-3.12.2.tar.gz
解压至 Download 文件夹

其中宿主机(win 或 mac) 可以和 vmware 无缝拷贝文件

3. ubuntu 装一些软件包(要查找 Terminal 应用并锁定在左边 dock 栏)

sudo apt-get install g++ 安装支持c++11的g++ 4.8.4
sudo apt-get install vim vim 是代码编辑器
cd cmake-3.12.2 其中 cd 的意思是进入指定文件夹
./bootstrap --prefix=/usr/local/cmake/ 先执行配置

配置成功的话就可以开始安装了(不成功的话拿着报错信息去 google) . csdn 博客基本都是复读机参考价值比较有限
make
sudo make install
##4. 如果上一步安装成功了,cmake 还没办法立即使用,需要把它加入环境变量
sudo vim /etc/profile
然后按大写字母 G 转到最后一行, 按键盘上的i进入输入模式,输入

#cmake 
export PATH=$PATH:/usr/local/cmake/bin

然后按ESC键,输入wq!再 enter即保存成功.

这就是 vim 的编辑方式, vim xxx.file => insert some words => wq!退出

修改完PATH这个环境变量后还需要让他立即生效, 执行

source /etc/profile
cmake --version

成功输出版本号则 cmake 安装成功
以后什么时候提示找不到 cmake的话就再执行一次
source /etc/profile

5. 安装 python 依赖包(等会 VMTK 要用)

python --version可以看到 ubuntu14.04.5自带 python2.7
接下来安装

sudo apt-get install python-dev libqt4-dev
sudo mkdir /usr/lib/python2.7/config/
sudo cp /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so /usr/lib/python2.7/config/libpython2.7.so

6.开始着手安装 VMTK (基本是按照官网流程)

sudo apt-get install git
cd ~/Downloads
git clone https://github.com/vmtk/vmtk.git
sudo apt-get install libxt-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev libglapi-mesa libosmesa-dev build-essential
mkdir vmtk-build
cd vmtk-build

cmake ../vmtk -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/usr/include/python2.7 -DPYTHON_LIBRARY=/usr/lib/python2.7/config/libpython2.7.so 

make -j2  #这一步会很慢, -j2已经是双核加速了 视不同机器而定可能还是还是要很久

7. 执行 Vessel 程序

cd ~/Downloads
git clone https://github.com/jackyko1991/Vessel-Centerline-Extraction.git
cd Vessel-Centerline-Extraction
vim CMakeList.txt

按 i 进入编辑模式,需要修改如下三行红色字符串部分:

注意我的用户名是 lxx 所以路径是/home/lxx ,你的用户名是 x 的话就是/home/x/Downloads/vmtk-build/VMTK-Build,共需修改3行, 改好后:wq!保存退出

cmake .
make
./CenterlineExtraction  test_data/left/lumen.stl

成功输出血管图像!

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