heartcored98 / Standalone-DeepLearning

2019 KAIST 딥러닝 홀로서기 세미나용 저장소입니다.

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Lab11에서 rdkit package가 import 되지않습니다.

Jinsung-Jeon opened this issue · comments

안녕하세요.
우선 GCN 강의를 잘 들었습니다. 좋은 강의를 제공해주셔서 감가합니다.

강의를 듣고 Lab11을 실습하고자 해서 실습자료를 이용하여 실습을 진행하는과정에서 radik package가 import되지않아, 진행하지 못하고있습니다.

ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
in ()
6 import numpy as np
7
----> 8 from rdkit import Chem, DataStructs
9 from rdkit.Chem import AllChem
10 from rdkit.Chem.Crippen import MolLogP

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

해결해주신다면 감사하겠습니다.
감사합니다.

안녕하세요. 강의를 잘 들어주셨다니 감사합니다.

실습 자료를 혹시 Colab에서 진행하셨을까요? 아니면 직접 구축한 파이선 환경에서 진행하셨을까요.

rdkit 설치는 어떤 과정으로 하셨느지와 현재 구동중인 파이썬 버전도 남겨주시겠어요?

추가로 작업하시는 환경에서

pip freeze

로 설치되어 있는 라이브러리 출력 결과도 같이 올려주시면 문제를 해결하는데 많은 도움이 되겠습니다 :)

안녕하세요. 답이 많이 늦어서 죄송합니다.

https://github.com/heartcored98/Standalone-DeepLearning-Chemistry/blob/master/Lec04/Lec04_lipo_smiles_cnn_prediction.ipynb

이 예제에 첫번째 코드 블럭 주석을 해제하시면 miniconda를 다운 받고 rdkit을 설치 한 후 rdkit 설치된 파일만 다시 가져오는 방식으로 colab에서도 rdkit을 사용하실 수 있을 겁니다.

한번 해보시고 문제 있으시면 또 알려주시겟어요?

해결 되었습니다ㅠㅠ 필요한 곳만 보고, 실습하다보니 놓쳤네요ㅠㅠ 감사합니다! ㅎㅎㅎㅎ

아마 colab 에서 런타임을 'GPU'로 선택하면 문제가 발생하는 것 같습니다.
'None'으로 하면 문제 발생하지 않음.