Usar funções usando o padrão pacote::funcao()
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Adicionar ::
em todas as funções usadas que não sejam do R base.
Ex: mutate(table_id = x)
-> dplyr::mutate(table_id = x)
As funções estão na pasta R/
Referência interessante: https://curso-r.github.io/zen-do-r/funcoes-deps.html#quatro-pontos
Recomendação: enviar um PR separadamente para cada arquivo que editar.