Nextflow pipeline for detection of structural variants from Oxford Nanopore data
KRAV
- Installera singularity
- Installera nextflow
- Bygg container med singularity/build_container.sh
- Editera run_pipeline.sh och kör så det ryker!
FILER
- nextflow.config anger var referensgenom finns samt output och lite övrig konfig
- pipeline.nf recept för pipelinen med exakta kommandon för varje steg
- run_pipeline.sh startar pipelinen
- flowchart.png flödesschema över pipelinen (genereras varje gång den körs)
- timeline.html tidslinje (genereras varje gång den körs)
MAPPAR
- output här hamnar resultaten
- reference referensfiler
- singularity innehåller container med mjuvkaran
- testfastq mapp med testfastq
- work här hamnar resultat/tmpfiler mm under körning
FLOWCHART
