cantabile-kwok / 3D-U-net-for-RibFrac

2021 Spring Machine Learning Project (2)

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3D U-net For RibFrac Challenge

Author: Yiwei Guo, Zi'ao Guo

Guidelines

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首先将数据集都按照dataset中的路径存放,csv文件和label一起放。

然后运行newpreprocess.py(train、val、test均要运行),这会生成dataset/fixed_data,存放处理过的数据。

随后运行newtrain.py,其中参数upper, lower是对图像进行上下截断的值,save指实验名称;通过调整start_epoch来设置是否热启动。

随后运行make_prediction,其中需要指定exp_path即实验目录,以及raw_data_path

随后运行make_label.py,也要指定exp_path

最后运行evaluate/ribfrac/evaluation.py,其中gt_dir pred_dir为上一个脚本产生的label目录和原始数据集的label目录。

其中FracNet目录clone自https://github.com/M3DV/FracNet, evaluate目录clone自https://github.com/M3DV/RibFrac-Challenge

本实验在test数据集上的预测结果存放在experiments/hybrid1e-2/test_results

About

2021 Spring Machine Learning Project (2)


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