一个临床医生的生信学习之路。
这里是我在公众号医学和生信笔记中发表的和生信数据挖掘有关的推文合集，并且进行了简单的分类，所有文件都是markdown格式。
生信分析需要的数据量巨大，且多数都是可以直接下载的，所以这里并没有数据，个别的外部数据我都在推文中注明了获取方式。
- 常规转录组上游分析流程
- 参考基因组注释文件下载
- GISTIC2.0分析拷贝数变异数据
- 生信初学者基础知识资源推荐，注意，文中涉及的电子书网址已变为：http://bio-info-trainee.com/basic/
- 学生信必知的镜像设置（加快你的下载速度）
批量生存分析已通过easyTCGA实现，1行代码即可完成2种批量生存分析，支持最佳截点，详情请参考：GitHub - ayueme/easyTCGA: Speed up your TCGA analysis!
- count、tpm、fpkm等表达量差异
- 批量生存分析(logrank和单因素COX)
- 解决TCGA批量生存分析报错：there is only 1 group
- 在R语言医学统计合集中还有其他关于生存分析基础知识的内容
差异分析已通过easyTCGA实现，1行代码即可完成3种差异分析分析，详情请参考：GitHub - ayueme/easyTCGA: Speed up your TCGA analysis!
- count、tpm、fpkm等表达量差异
- DESeq2差异分析及VST变换的探索
- limma差异分析，谁和谁比很重要吗？
- 单基因差异分析并绘制火山图和热图
- 手动计算logFC（wilcoxon差异分析）
- 富集分析常见类型
- enrichplot富集分析可视化
- GSEA富集分析可视化
- Goplot富集分析可视化
- GseaVis富集分析可视化
- simplifyEnrichment的使用示例
- 单基因富集分析
- GSVA和ssGSEA
- 免疫浸润结果分子分型（一致性聚类ConsensusClusterPlus）
- MOVICS：分子分型一站式R包(01)
- MOVICS：分子分型一站式R包(02)
- MOVICS：分子分型一站式R包(03)
- CancerSubtypes
- 新版TCGA数据库学习：批量下载数据；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 新版TCGA数据库学习：表达矩阵提取（mRNA/lncRNA/counts/tpm/fpkm）；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 手动下载的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 可能是最适合初学者的TCGA官网下载和表达矩阵整理教程；注意：该方法可以配合easyTCGA一起用
- TCGA官网下载的文件数量竟然和TCGAbiolinks不一致！
- 1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 1行代码提取6种TCGA表达矩阵2.0版；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 1行代码提取TCGA的6种表达矩阵是有视频教程的；注意：该方法已被easyTCGA替代，b站有教程
- 新版TCGA数据库不同癌种的组学数据合并；注意：该方法已被easyTCGA替代
- TCGA不同癌种数据合并问题；注意：该方法已被easyTCGA替代
- TCGA的maf突变文件不能下载了？直接用TCGAbiolinks包搞定！；注意：该方法已被easyTCGA替代
- maftools需要的文件如何自己整理
- 新版TCGAbiolinks包学习：差异分析；注意：该方法已被easyTCGA替代
- 新版TCGAbiolinks包学习：富集分析和生存分析；注意：生存分析已被easyTCGA替代
- 新版TCGAbiolinks包学习：可视化
- 1行代码计算肿瘤突变负荷TMB
- 解决TCGA批量生存分析报错：there is only 1 group；注意：该方法已被easyTCGA替代
专为下载和整理TCGA数据而开发的R包，1行代码完成一个分析，详情请参考：GitHub - ayueme/easyTCGA: Speed up your TCGA analysis!
- easyTCGA：让初学者也能享受“征服”TCGA的喜悦
- easyTCGA：1行代码搞定TCGA的6种表达矩阵和临床信息
- easyTCGA：1行代码搞定TCGA突变maf文件下载和整理
- easyTCGA生存分析支持最佳截点，任意基因在不同组中的表达量箱线图
- TCGA、GTEx的泛癌数据也是1行代码整理
- 任意基因在泛癌中的表达量展示
- b站视频教程；视频教程略旧，很多新特性没介绍
- TCGAbiolinks的甲基化数据分析
- ChAMP分析甲基化数据：样本信息csv的制作和IDAT读取
- ChAMP分析甲基化数据：标准流程
- ChAMP分析甲基化数据：从β值矩阵开始的流程
- ChAMP分析TCGA结直肠癌的甲基化数据！
- minfi包处理甲基化数据
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泛癌的GSVA和GSEA等
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泛癌多组学